Avancée prometteuse pour le diagnostic précoce du cancer du poumon

Même si les méthodes de diagnostic actuelles sont nombreuses pour détecter le cancer du poumon, elles restent invasives et imprécises. Le CHU de Besançon vient de breveter une nouvelle méthode à partir d’une simple goutte de sang dont la fiabilité est prometteuse.
Outre son coût, la détection précoce des tumeurs malignes par scanner faible dose entraîne encore de trop nombreux faux positifs très anxiogènes pour le patient..

Vers une détection sanguine par simple prise de sang

De nombreuses pistes de recherche s’orientent vers la détection, dans la circulation sanguine, de biomarqueurs spécifiques. C’est dans ce cadre que des chercheurs du CHU de Besançon ont participé au dépôt d’une demande de brevet européen portant sur des biomarqueurs utilisables en biopsies liquides et spécifiques des cancers pulmonaires. Sur une simple prise de sang, l’emploi de ces biomarqueurs pourrait se faire dans le cadre du dépistage, du diagnostic ou du suivi des adénocarcinomes pulmonaires, avec des résultats hautement précis.

Les Docteurs Zohair Selmani et Alexis Overs, médecins au CHU de Besançon, ont d’abord développé un script informatique nommé MethylSCan (pour méthylation spécifique des cancers) leur permettant d’analyser des bases de données biologiques publiques de divers cancers. Dès le début des travaux, ils ont pensé leur algorithme pour les biopsies liquides.

Les données d’environ 400 patients ont été analysées, avec plus de 450 000 cibles potentielles chacun. Ils ont mis au point un système capable d’éliminer toutes les cibles qui ne sont pas analysables dans le sang et de faire la différence entre tissu sain et tissu tumoral pour ne garder que les cibles les plus discriminantes. Une centaine de cibles ont ainsi été sélectionnées pour constituer des biomarqueurs tumoraux détectables à des doses infinitésimales.

Avec Ccet algorithme de comprend une étape de machine learning. Cette technologie, sous-ensemble de l'intelligence artificielle, permet de constituer la combinaison de cibles avec la meilleure performance. En effet, une signature de 6 cibles permet une sensibilité maximale, c’est-à-dire que même une quantité infime de marqueur tumoral peut être détectée ; et la spécificité de l’analyse est garantie, les résultats obtenus peuvent être considérés comme robustes.

Validation biologique des biomarqueurs

La phase de validation biologique des biomarqueurs a été développée en collaboration avec la plateforme EPIGENExp de l’université de Franche-Comté et le CHU de Dijon. Cette signature a été testée. Dans près de 95 % des cas, des traces tumorales ont été détectées par PCR digitale chez les patients atteints de cancer du poumon. Rien n’a été détecté chez les sujets sains. Ces résultats ont donc permis de procéder à une première validation de la méthode.

La technique a fait l’objet d’un dépôt de code ainsi que d’une demande de brevet européen et porte sur le choix des cibles et les techniques utilisées pour les sélectionner et les détecter.

Les travaux se poursuivent, suite à l’obtention d’un financement obtenu auprès de la SATT SAYENS permettant des travaux de validation de la technique sur 2 années.

A l’issue de la phase de validation, la méthode pourrait alors être utilisée en routine pour le suivi des patients. Les chercheurs souhaiteraient pouvoir en généraliser l’usage pour le dépistage, de manière à pouvoir détecter plus précocement la maladie. Cela permettrait en effet d’avoir un outil de surveillance du cancer du poumon le moins invasif possible pour les patients : une simple prise de sang. Et ainsi proposer une alternative moins lourde et moins onéreuse pour le système de soins, et une avancée pour la médecine de précision.

En savoir plus : Sophie Muraccioli, smuraccioli@chu-besancon.fr